MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori HPAG1 plasmid pHPAG1

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008087	CTT	2	6	29	34	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008087	CTT	2	6	51	56	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008087	CTT	2	6	73	78	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008087	ATAAC	2	10	86	95	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008087	ATT	2	6	116	121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008087	AAC	2	6	141	146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008087	GTGG	2	8	233	240	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008087	AGG	2	6	250	255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008087	TAG	2	6	278	283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008087	TAA	2	6	335	340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008087	CTT	2	6	361	366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008087	TTA	2	6	383	388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008087	T	6	6	2811	2816	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008087	TAGT	2	8	2831	2838	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008087	T	6	6	2842	2847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008087	GTTG	2	8	2855	2862	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008087	A	6	6	2892	2897	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008087	A	7	7	2920	2926	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008087	C	6	6	2935	2940	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
20	NC_008087	AGCG	2	8	3033	3040	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008087	TTTG	2	8	3072	3079	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008087	CAA	2	6	3095	3100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008087	A	6	6	3215	3220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008087	ACTAAA	2	12	3223	3234	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008087	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008087	TTA	2	6	3270	3275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008087	AAC	2	6	3284	3289	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008087	TGT	2	6	3292	3297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008087	GC	4	8	3317	3324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008087	ACC	2	6	3347	3352	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_008087	CTT	2	6	3408	3413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008087	CTT	2	6	3430	3435	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008087	CTT	2	6	3452	3457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008087	CTT	2	6	3474	3479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008087	GGA	2	6	3631	3636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008087	AG	3	6	3638	3643	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008087	AGG	2	6	3658	3663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008087	TAT	2	6	3680	3685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008087	TTA	2	6	3735	3740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008087	TAT	2	6	3802	3807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008087	TA	3	6	3822	3827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008087	A	8	8	5420	5427	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008087	T	7	7	7756	7762	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008087	TA	3	6	7847	7852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008087	TAT	2	6	7871	7876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008087	TTTTA	2	10	7877	7886	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008087	TGAT	2	8	7925	7932	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008087	AT	3	6	8564	8569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008087	TTG	2	6	8620	8625	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008087	GTT	2	6	8683	8688	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008087	TTC	2	6	8699	8704	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008087	GAAT	2	8	8718	8725	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008087	ATC	2	6	8747	8752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008087	T	6	6	8771	8776	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008087	T	6	6	8800	8805	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008087	TAGT	2	8	8820	8827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008087	T	6	6	8831	8836	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008087	GTTG	2	8	8844	8851	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008087	A	6	6	8881	8886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008087	A	7	7	8909	8915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008087	C	6	6	8924	8929	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
62	NC_008087	AGCG	2	8	9022	9029	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_008087	TTTG	2	8	9061	9068	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008087	CAA	2	6	9084	9089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008087	A	6	6	9204	9209	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008087	ACTAAA	2	12	9212	9223	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008087	GTT	2	6	9252	9257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008087	TTA	2	6	9259	9264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008087	AAC	2	6	9273	9278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008087	TGT	2	6	9281	9286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008087	GC	4	8	9306	9313	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008087	ACC	2	6	9336	9341	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.